این برنامه به مراقبت و پیشگیری از بیماران مبتلا به مالاریا اختصاص دارد . با توجه به اینکه تهران منطقه ای عاری از عامل بیماری است ، خدمات این برنامه شامل درمان مبتلایان وارده از سایر مناطق و پیگیری بیمار بصورت لام گیری خونی در 5 زمان پیوسته و افراد در معرض خطر است . همچنین آموزش و سم پاشی و مه پاشی مناطق آلوده به پشه آنوفل نیز از دیگر خدامت این برنامه می باشد .

در برنامه مراقبت مالاریا هر فردی که با علائم مشکوک به مالاریا به یکی از خانه های بهداشت یا مراکز بهداشتی درمانی مراچعه کند بصورت رایگان مورد آزمایش لام خون قرار گرفته در صورت ابتلا درمان رایگان می گیرند . همچنین تمامی اطرافیان بیمار مبتلا مورد معاینه و آزمایش لازم قرار میگیرند تا اگر کسی از آنها هم مبتلا بود درمان شود و منطقه تحت سکونت فرد نیز از لحاظ وجود پشه آنوفل مورد بررسی قرار می گیرد .

در ضمن در مناطق خطر ؛ هر ساله 2 بار چک حشره شناسی انجام می شود . همچنین کلیه بیمارستانها و کلینیک های دولتی مجهز به داروی مالاریا مقاوم به درمان هستند .