امور آزمایشگاهها فعالیت خود را از سال 1386 آغاز نمود و در حال حاضر تعداد 11 آزمایشگاه سطح دو بهداشتی ( در مرکز بهداشت شهرستانها ) و تعداد 18 آزمایشگاه سطح  یک و 63 مرکز نمونه گیری واقع در مراکز خدمات جامع سلامت را تحت پوشش دارد که برای گروه های هدفی مانند مراجعین قبل ازدواج ، مادران باردار ، مراجعین تشخیص سوء  مصرف مواد مخدر و روانگردان ، مراجعین ایراپن ، سل ، مالاریا ، سالک و انواع نمونه گیری های بیماریهای نظام مراقبت واگیر و غیر واگیر خدمت می نمایند .

• بازبینی 10%لام های منفی سل و تمام لام های مثبت سل ارسالی از آزمایشگاههای استان

• بازبینی 10%لام های منفی مالاریا و تمام لام های مثبت مالاریای ارسالی از آزمایشگاههای استان

• تأیید و انجام آزمایشات تکمیلی موارد ارسالی مشکوک به التور از آزمایشگاههای بهداشتی

• تهیه و توزیع محیط های نمونه گیری  سیاه سرفه ، دیفتری بین مراکز بهداشتی

• همکاری در اجرای طرح های نظام مراقبت بیماریهای  واگیر و غیرواگیر 

• اجرای ممیزی و پایش آزمایشگاههای بهداشتی

• استقرار سیستم مدیریت کیفیت در آزمایشگاههای تحت نظر

• مشارکت در کمیته های تخصصی  تالاسمی ، ایدز ، سل  و بیماریهای منتقله

• نظارت بر اجرای برنامه کنترل کیفی خارجی

• برگزاری کارگاههای آموزشی تخصصی جهت کارکنان آزمایشگاههای بهداشتی

• ارسال آخرین دستورالعمل ها و بخشنامه ها از آزمایشگاه مرجع سلامت به آزمایشگاههای بهداشتی

• تجهیز و راه اندازی واحد های آزمایشگاهی

• ارتقاء کیفیت خدمات آزمایشگاهی

• همکاری با اداره امور آزمایشگاههای درمان  در زمینه های لازم

•  همکاری و تعامل با سایر واحدهای درون بخشی معاونت بهداشتی

• شرکت در مانورهای کشوری و برگزاری مانورهای منطقه ایی