برنامه های سلامت کودکان متولی مراقبت از نوزادان و کودکان به منظورپیشگیری، ارتقاء سلامت و تکامل و کاهش بار بیماری های الویت دار کودکان زیر 5 سال ساکن کشور درراستای عمل به تعهدات ملی و بین المللی است وبا اجرای برنامه های سلامت نوزادان ، ترویج تغذیه با شیر مادر، تکامل سال­های اولیه کودکی، مراقبت های ادغام یافته کودک سالم و بیمار، احیای کودکان و نظام مراقبت مرگ کودکان 59-1ماهه ، با ظرفیت سازی درونی، هماهنگی درون بخشی و جلب همکاریهای بین بخشی ، موجبات بهبود شاخصهای خدمات جامع و همگانی سلامت مبتنی بر مراقبت های اولیه سلامت را با محوریت پزشک خانواده در نظام ارجاع وسطح بندی خدمات فراهم خواهد کرد، با افزایش توانمندی علمی و فنی کارکنان، کیفیت مراقبت‌های بهداشتی و درمانی را بهبود بخشیده ، دانش مادران را در زمینه‌ی اولویت‌های سلامت نوزادان و کودکان و بهره‌ گیری از خدمات مراقبت‌های بهداشتی و درمانی ارتقاء داده، تغذیه با شیر مادر را به رفتاری پذیرفته شده و مورد حمایت در جامعه تبدیل می‌کند بطوری که هر مادری در بارداری و شیردهی به هر سطح از نظام ارائه خدمات مراجعه کند، برای شیردهی مورد حمایت قرار خواهد گرفت.
مشارکت مردم و سایر سازمان‌ها را در ارائه‌ی خدمات مراقبت‌های بهداشتی و درمانی برای نوزادان و کودکان افزایش می‌دهد و در نهایت مرگ و میر، معلولیت‌ها و بار بیماری‌های شایع و مهم در کودکان کاهش خواهد یافت ودر آینده جوانانی نیرومند، چابک، کارآمد، نیک نفس، خیر، حقیقت طلب، باهوش، عاقل، مقدس و خوشبخت خواهیم داشت.

• ترویج تغذیه با شیرمادر
• سلامت نوزادان
• مراقبت‌های ادغام یافته کودک سالم
• مراقبت های ادغام یافته ناخوشی های اطفال
• رشد و تکامل همه جانبه دوران ابتدای کودکی
• احیای پایه کودکان
• نظام مراقبت مرگ کودکان 1 تا 59 ماهه